甲基绿染DNA，染色后呈现的颜色是蓝绿色。
甲基绿是具有金属光泽的绿色微结晶或亮绿色粉末。溶于水，显蓝绿色。稍溶于乙醇，不溶于戊醇。为碱性染料，它易与聚合程度高的DNA结合呈现绿色。又称双绿SF。绿色晶体，具金黄色光泽，或淡绿色粉末。溶于水，呈蓝绿色。微溶于乙醇。
商品通常为锌复盐C26H33N3Cl2·ZnCl2(称C.I.碱性蓝20)。用于细菌染色(新鲜标本细胞核染色)甲基绿-盐酸混合物用于鉴定精子、淋球菌和肥大细胞染色。甲基绿可用于鉴定DNA。DNA遇甲基绿(常温)会被染成蓝绿色。
为什么核仁染色浅
核仁染色应该呈现深色，因为它更易被碱性染料染色。
细胞核染色深浅是由于染色质的变化而造成的。
一般染色质凝聚紧缩，就容易染色深。而凝聚的染色质功能不活跃。
染色质疏松，染色就浅。而一般活跃的染色质上，转录等功能活跃，染色质较为疏松。
细胞核的数量问题
细胞核的大小一般7微米左右；细胞衰老时细胞内呼吸速度减慢，细胞核体积增大，核膜内折，染色质收缩，颜色加深。线粒体数量减少，体积增大总体来说老化细胞的各种结构呈退行性变化。衰老细胞的形态变化表现有：
1、细胞核：增大、染色深、核内有包含物
2、染色质：凝聚、固缩、碎裂、溶解 4、细胞质：色素积聚、空泡形成 5、线粒体：数目减少、体积增大 6、高尔基体：碎裂 7、尼氏体：消失 所以细胞核不是越大越好